A Paróquia São Francisco de Assis em Três Lagoas, embora oficialmente criada em 04/10/2013, tem suas raízes profundas que remontam a 50 anos atrás, quando era uma comunidade sob os auspícios da Paróquia Santo Antônio.

Em 2023, em celebração aos seus 10 anos de existência formal, a paróquia passou por uma reforma significativa.

Atualmente, a comunidade é confiada aos Salesianos, que dedicam-se com zelo e comprometimento ao serviço religioso e pastoral nesta região.